Vent'anni dopo l'olocausto nucleare Roma è una città desolata e spoglia, fatta solo di rovine. I suoi abitanti sembrano non avere più niente di umano.
Il Nuovo Vaticano si è insediato nelle gallerie delle antiche catacombe di San Callisto. E' una comunità di poche centinaia di persone, governata da un incerto equilibrio di poteri tra quel che resta della Chiesa e la spietata e corrotta famiglia Mori.
Padre John Daniels, giovane seminarista all'epoca del disastro ed ora unico membro della Congregazione per la Dottrina della Fede, viene convocato a sorpresa dal capo del Nuovo Vaticano, il camerlengo Ferdinando Albani, ultimo cardinale della Chiesa. Il Papa è probabilmente morto, anche se nessuno può esserne certo.
Il destino della stessa Chiesa è appeso a un filo: gli equilibri di potere all'interno delle catacombe pendono sempre di più a favore della componente laica del Consiglio, l'organismo di governo locale cui appartengono uomini avidi e senza scrupoli.
Con la promessa di recuperare il prezioso Tesoro della Basilica di San Marco, il porporato ha ottenuto l'autorizzazione e i mezzi per una spedizione al Nord, nell'antica città di Venezia, ma in realtà lo scopo è ben diverso: un recente viaggio ha riportato la notizia di una comunità che vive nella città dei Dogi, della quale farebbe parte il Patriarca.
A Daniels viene quindi chiesto di condurre l'alto prelato a Roma per poter convocare un Concilio ed eleggere finalmente un nuovo Pontefice.
Il destino del Nuovo Vaticano dipende dal successo della sua spedizione, nessuno ha mai tentato prima un cammino così lungo in un ambiente divenuto tanto ostile: gelido, radioattivo, battuto da creature incomprensibili e mortali.
Accompagnato nella sua impresa da sette "Guardie Svizzere" capitanate dall'ex legionario Marc Durand, il giovane sacerdote parte alla volta di Venezia per un viaggio costellato di pericoli e di strani ed eccitanti incontri.